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Beim Rebase für jede Datei entscheinden, ob ours oder theirs genommen werden soll:

git checkout --ours -- [paths]
oder
git checkout --theirs -- [paths]
Anschließend mit git add [path] die Datei hinzufügen und mit git rebase --continue den rebase fortsetzen

https://stackoverflow.com/questions/16825849/choose-git-merge-strategy-for-specific-files-ours-mine-theirs

Alte Commits löschen durch Rebase:
Head um vier commits zurücksetzen:
git rebase -i HEAD~4

Dann mit pick die Commits wählen, die man behalten will:
pick 2f05aba ... #will be preserved
#pick 3371cec ... #will be deleted
#pick daed25c ... #will be deleted
pick e2b2a84 ... #will be preserved

https://stackoverflow.com/questions/9725156/remove-old-git-commits